Einige Zeit ist vergangen seit dem letzten Turnier in Battle City, doch nun musst Du zurückkehren, da das Millenium Puzzle verschwunden ist! Es liegt allein an dir die Teile des Puzzles wiederzufinden, und die Welt vor der Zerstörung zu bewahren. Yu-Gi-Oh! Reschef der Zerstörer, das Sequel zu Yu-Gi-Oh! Die Heiligen Karten, beinhaltet eine neue Storyline mit unerwarteten Wendungen und Geschehnissen auf dem Weg Reschef den Zerstörer zu stoppen, der die Welt in Dunkelheit tauchen will.