Sotto il senso letterario della Commedia, ossia sotto la peregrinazione di Dante attraverso i tre regni dell'Inferno, del Purgatorio e del Paradiso, si nasconde senza alcun dubbio una allegoria. Non c'è bisogno delle esplicite dichiarazioni di Dante in proposito per esserne certi. Questa allegoria non è semplice, ma molteplice e dai commentatori ne vengono di solito riconosciuti soltanto due aspetti, quello morale e quello politico. Ma i motivi che hanno indotto Dante a servirsi dell'allegoria non sono di natura politica, inerenti alla sua posizione nella lotta tra Guelfi e Ghibellini, perché in tal caso sarebbe naturale di trovare più fitto il velo nei passi che trattano di politica, mentre invece il velo si fa più spesso nei passi che trattano argomenti di morale, di filosofia, di religione, di metafisica; e talora per quanto i commentatori aguzzino gli occhi non riescono a chiarire il senso, oppure ognuno di essi finisce coll'intendere diverso dagli altri.
Il soggetto della Commedia è l'uomo, o meglio la rigenerazione dell'uomo, la sua metamorfosi in angelica farfalla, la Psiche di Apuleio. È dunque il medesimo soggetto dei Misteri. Non le sole qualità morali cambiano; Dante si purifica di grado in grado, passa per crisi e coscienze varie e numerose, cade come corpo morto, sviene, rinviene, si addormenta, si ravviva nell'Eunoè, la sua mente esce di sé stessa, passa al divino dall'umano, all'eterno dal tempo, e finalmente dislega l'anima sua da ogni nube di mortalità. Questo non è un perfezionamento morale, è una vera palingenesi di tutto l'essere che si attua nel simbolico viaggio. Il velame asconde non soltanto delle disquisizioni morali sopra i peccati e le virtù, ma l'esposizione di mutamenti interiori nella coscienza del pellegrino.
Esaminando l'opera di Dante senza preconcetti e partiti presi, si arriva a riconoscere nella rinascita spirituale mediante la metamorfosi operata dall'iniziazione il soggetto fondamentale della Commedia, la dottrina nascosta sotto il velame delli versi strani.